Το Τμήμα Β’ (Προγραμμάτων Σπουδών και Εκπαιδευτικού Υλικού) της Επιστημονικής Υπηρεσίας του ΙΕΠ έχει ως αντικείμενο την γνωμοδότηση στο πλαίσιο των κείμενων διατάξεων, για την κατάρτιση και αναμόρφωση προγραμμάτων σπουδών και του εκπαιδευτικού υλικού της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Ειδικότερα εστιάζει σε θέματα που αφορούν: α) την πρωτοβάθμια εκπαίδευση, β) τις ανθρωπιστικές και κοινωνικές επιστήμες, γ) τα μαθηματικά, τις φυσικές επιστήμες και την τεχνολογία, δ) τις τέχνες και ε) την επαγγελματική εκπαίδευση.
Στις αρμοδιότητες του Τμήματος εμπίπτει επίσης η μελέτη τεκμηρίων και στοιχείων κάθε είδους για τη λειτουργία του εκπαιδευτικού συστήματος αλλά και η γνωμοδότηση για την υλοποίηση συναφών με τις αρμοδιότητές του ερευνών και εκπαιδευτικών προγραμμάτων σε δομές της Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης.
Το Τμήμα Β’ του ΙΕΠ συγκροτείται από τις ακόλουθες Επιστημονικές Μονάδες:
- Μονάδα Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης
- Μονάδα Ανθρωπιστικών και Κοινωνικών Επιστημών
- Μονάδα Επαγγελματικής Εκπαίδευσης και Μαθητείας
- Μονάδα Φυσικών Επιστημών, Τεχνολογίας, Μαθηματικών και Τεχνών
- Μονάδα Ξένων Γλωσσών
Ως επικεφαλής(Συντονιστές/Συντονίστριες) των Επιστημονικών Μονάδων τοποθετούνται Σύμβουλοι του ΙΕΠ που ορίζονται με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου. Οι ανωτέρω Επιστημονικές Μονάδες ασκούν αρμοδιότητες που αφορούν τα γνωστικά τους αντικείμενα και υποστηρίζουν, η κάθε Μονάδα στο αντικείμενό της, τους σκοπούς και τους στόχους του ΙΕΠ και το Διοικητικό του Συμβούλιο.