Σκοπός του τμήματος είναι:
α) η εισήγηση του στρατηγικού σχεδιασμού για τη διαμόρφωση των κεντρικών πολιτικών του Ι.Ε.Π.,
β) η επίτευξη υψηλής ποιότητας υπηρεσιών στο Ι.Ε.Π., καθώς και η αποτελεσματικότερη λειτουργία και απόδοση των τμημάτων, γραφείων και μονάδων, σύμφωνα με τις διεθνείς πρακτικές. Στις αρμοδιότητες του τμήματος περιλαμβάνονται η τυποποίηση και ο έλεγχος των προβλεπόμενων διαδικασιών, οι περιγραφές θέσεων και αρμοδιοτήτων, η διασφάλιση της αποτελεσματικής εφαρμογής των επιμέρους πολιτικών ποιότητας, όπως ορίζονται από το Δ.Σ., η σύνταξη ετήσιας απολογιστικής έκθεσης συμπερασμάτων και προτάσεων βελτίωσης του τρόπου λειτουργίας του Ι.Ε.Π και η διατήρηση της λειτουργικής συνέχειας του φορέα. Ο Προϊστάμενος του τμήματος τοποθετείται, με απόφαση του Δ.Σ., για τετρα-ετή θητεία, εκπαιδευτικός της δημόσιας εκπαίδευσης ή υπάλληλος του Ι.Ε.Π. που υπηρετεί με σχέση εργασίας Ι.Δ.Α.Χ., ύστερα από δημόσια πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος, με την οποία καθορίζονται τα κριτήρια επιλογής, σύμφωνα με την παρ. 7 του άρθρου 14.