Το Τμήμα Εξοφλήσεων και Πάγιων Προκαταβολών είναι αρμόδιο, ιδίως για την ανάρτηση δαπανών στο Πρόγραμμα Διαύγεια και όπου κατά νόμο απαιτείται, την καταβολή και διεκπεραίωση κάθε φύσης πληρωμών σε φυσικά ή νομικά πρόσωπα του δημόσιου ή ιδιωτικού τομέα και κάθε νομική οντότητα, την εφαρμογή του οικείου λογιστικού σχεδίου, τη σύνταξη των οικονομικών καταστάσεων και την τήρηση αρχείου σε θέματα αρμοδιότητάς του.