Το πρόγραμμα της Εισαγωγικής Επιμόρφωσης για τους νεοδιοριζόμενους εκπαιδευτικούς του σχολικού έτους 2008-2009 απευθύνθηκε και στους εκπαιδευτικούς που διορίστηκαν στα δύο προηγούμενα σχολικά έτη και δεν τους είχε χορηγηθεί βεβαίωση παρακολούθησης Προγράμματος Εισαγωγικής Επιμόρφωσης.
Για την υλοποίηση του Προγράμματος της Εισαγωγικής Επιμόρφωσης το Π.Ι. αξιοποιήθηκαν τα 7 Περιφερειακά Επιμορφωτικά Κέντρα (Π.Ε.Κ.): 1ο Θεσσαλονίκης, 2ο Θεσσαλονίκης, Κοζάνης, 1ο Αθήνας, 2ο Αθήνας, 3ο Αθήνας και Πειραιά, ώστε να συντελεστεί το Πρόγραμμα ανά περιοχή ευθύνης καθενός από αυτά τα Π.Ε.Κ. τα οποία ανήκουν στις 3 Περιφέρειες Σταδιακής Εξόδου (Κεντρική Μακεδονία, Δυτική Μακεδονία και Αττική) του Άξονα Προτεραιότητας 02 του Επιχειρησιακού Προγράμματος «ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗ ΚΑΙ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗ».
Την ευθύνη για την ομαλή υλοποίηση του Προγράμματος και την επίτευξη των στόχων του σε κάθε Π.Ε.Κ. την είχε το Συντονιστικό του Συμβούλιο.
Οι επιμορφούμενοι εκπαιδευτικοί παρακολούθησαν το πρόγραμμα στο αντίστοιχο Π.Ε.Κ. που στην περιοχή ευθύνης του, ανήκει η σχολική μονάδα διορισμού τους ή τοποθέτησής τους.