Το Τμήμα Προϋπολογισμού, Ελέγχου, Εκκαθάρισης Δαπανών και Εντολής Πληρωμών είναι αρμόδιο ιδίως για:
α) την κατάρτιση του προϋπολογισμού του Ι.Ε.Π. και των τυχόν τροποποιήσεών του, σε συνεργασία με το Τμήμα Έργων και Δράσεων, για τα έργα και τις δράσεις που υλοποιούνται από το Ι.Ε.Π. και με την ευθύνη και υπό την επίβλεψη του Υποδιευθυντή,
β) την παρακολούθηση της εκτέλεσης του προϋπολογισμού κάθε έργου/δράσης, τακτικού προϋπολογισμού ή μη, με βάση τις χρηματοδοτήσεις και τις πραγματοποιηθείσες δαπάνες, τη σύνταξη του απολογισμού των επιχορηγήσεων και την υποβολή των αιτημάτων χρηματοδότησης των πράξεων προς τη Διαχειριστική Αρχή. Μεριμνά, ιδίως για την καταγραφή και παρακολούθηση των δαπανών των έργων/δράσεων, τακτικού προϋπολογισμού ή μη, και των τραπεζικών υπολοίπων τους, καθώς και τη συγκέντρωση από τους αρμόδιους υπευθύνους και τον έλεγχο των απαιτούμενων δικαιολογητικών και παραστατικών στοιχείων κάθε δαπάνης, στο πλαίσιο εφαρμογής των έργων/δράσεων, τακτικού προϋπολογισμού ή μη,
γ) την εκκαθάριση και τις εντολές πληρωμών των πάσης φύσεως δαπανών του Ι.Ε.Π. Προβαίνει σε έλεγχο νομιμότητας, κανονικότητας και επιλεξιμότητας των δαπανών και την έκδοση χρηματικών ενταλμάτων πλη- ρωμής. Προβαίνει, ιδίως σε εκκαθάριση της μισθοδοσίας του προσωπικού του I.E.Π., των λοιπών αμοιβών και αποζημιώσεων, την υποβολή της Αναλυτικής Περιοδικής Δήλωσης (Α.Π.Δ.) και των λοιπών σχετικών καταστάσεων στους αρμόδιους φορείς κοινωνικής ασφάλισης, καθώς και την αποστολή οικονομικών στοιχείων στους αρμόδιους φορείς και όργανα.