Το Τμήμα Οικονομικής Υποστήριξης καταρτίζει και παρακολουθεί τον προϋπολογισμό του Ι.Ε.Π.,  για τα έργα και τις δράσεις ή άλλων αναγκών του Ι.Ε.Π., ελέγχει τη νομιμότητα, την κανονικότητα και την επιλεξιμότητά τους, είναι υπεύθυνο για την εκκαθάριση της μισθοδοσίας του προσωπικού του I.E.Π., την καταβολή λοιπών αμοιβών και αποζημιώσεων, την υποβολή της Αναλυτικής Περιοδικής Δήλωσης (ΑΠΔ) και των λοιπών σχετικών καταστάσεων στους αρμόδιους φορείς κοινωνικής ασφάλισης, την αποστολή οικονομικών στοιχειών στους αρμόδιους φορείς και όργανα, την έκδοση χρηματικών ενταλμάτων πληρωμής, και την τήρηση αρχείου σε θέματα αρμοδιότητάς του.